原則は区点コード順です。
これは基本的に音読みの五十音順と一致します。
しかし例外もあります。 以下に説明します。

「悪」　読み方＝アク・オ・わる(い)　[にく(む)・あ(し)・いずく(んぞ)]
音読みが二つあります。
この場合はより一般的な読み方のほうにあります。「アク」は「オ」よりも一般的です。
→「あ」のページにあります。

「井」　読み方＝セイ・ショウ・い　[いげた・まち]
音読みとして「セイ」と「ショウ」がありますが、
あまり知られていないからなのか、訓読み「い」のほうを基準としています。
→「い」のページにあります。

「扱」　読み方＝あつか(う)　[ソウ・キュウ・こ(く)・しご(く)]
音読みはありますが、常用漢字表外の読み方なので、
訓読みのほうにあります。
→「あ」のページにあります。